以下不太建议新手操作，适合坚决要把主域名绑定到子目录的朋友操作
在cPanel主机中，主域名是使用public_html目录作为主域名的默认绑定的目录，主域名网站的文件和程序都是放在public_html目录下，附加的域名(addon domains－附加域)使用public_html目录下的子目录。有的人可能觉得public_html目录下的会看起来比较乱，因此想把主域名也指向其中一个子目录。这样就需要利用.htaccess的重写功能。

1.在public_html创建一个.htaccess
2.编辑.htaccess，写下如下代码，根据你的需求也要做相应修改

# 开始重写主域名
RewriteEngine on
# 设置重写条件，把gegehost.com换成你的主域名
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?gegehost.com$
# public_html下创建的’gegehost.com’文件夹将绑定在你的主域名上，你也可以改成其它名字.
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/gegehost.com/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
# 设置重写规则
RewriteRule ^(.*)$ /gegehost.com/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?gegehost.com$
RewriteRule ^(/)?$ gegehost.com/index.php [L]

说明：将上面有gegehost.com的，更换为你的主域名。

另外还有一种解决方案就是主域名依然是绑定在/public_html这个目录，其它域名例如kisshi.com，你在“附加域”的时候也可以绑定在/kisshi.com这个目录，这样子就不会混在一个public_html目录里了。